
曙海教學(xué)優(yōu)勢(shì)
該課程面向企事業(yè)項(xiàng)目實(shí)際需要,教學(xué)以實(shí)用為導(dǎo)向,秉承21年積累的教學(xué)品質(zhì),GROMACS 培訓(xùn)學(xué)習(xí)學(xué)校以項(xiàng)目實(shí)現(xiàn)為導(dǎo)向,老師將會(huì)與您分享設(shè)計(jì)的全流程以及工具的綜合使用技巧、經(jīng)驗(yàn)。上門(mén)/線上/線下皆可,小班面授,互動(dòng)直播任選.專注技術(shù)培訓(xùn),匠心服務(wù),實(shí)戰(zhàn)教學(xué)。上門(mén)/線上/線下皆可,GROMACS 培訓(xùn)學(xué)習(xí)學(xué)校專家,課程可定制,熱線:4008699035。
大批企業(yè)和曙海
建立了良好的合作關(guān)系,合作企業(yè)30萬(wàn)+。我們課程培養(yǎng)了十幾萬(wàn)受歡迎的工程師,在業(yè)內(nèi)有著響亮的知名度,同心致遠(yuǎn),用心服務(wù)。
?適用于分子模擬、計(jì)算化學(xué)、生物物理、生物信息等領(lǐng)域的新手和進(jìn)階用戶。重點(diǎn)覆蓋工具原理、基本操作、分子動(dòng)力學(xué)模擬流程、分析方法和高效實(shí)踐等內(nèi)容,也可靈活根據(jù)領(lǐng)域需求調(diào)整。
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第一天:GROMACS基礎(chǔ)與標(biāo)準(zhǔn)分子動(dòng)力學(xué)模擬流程
1. 培訓(xùn)導(dǎo)入與課程目標(biāo)
GROMACS 簡(jiǎn)介與應(yīng)用領(lǐng)域概覽
與其他分子模擬工具(NAMD、AMBER等)的對(duì)比
培訓(xùn)目標(biāo)與內(nèi)容說(shuō)明
2. GROMACS軟件環(huán)境與基本操作
軟件安裝、配置和依賴環(huán)境(Linux/Windows/Mac)
常用命令和腳本基本用法
GROMACS文件體系結(jié)構(gòu)與命名規(guī)則
3. 分子模型的準(zhǔn)備
結(jié)構(gòu)文件(PDB/XYZ)預(yù)處理與修正
使用pdb2gmx生成拓?fù)湮募?/font>
力場(chǎng)(force field)介紹與選擇(如amber、charmm、gromos等)
受體配體/蛋白/小分子體系準(zhǔn)備要點(diǎn)
4. 模擬體系構(gòu)建與溶劑化
構(gòu)建模擬盒子(editconf)
溶劑化(solvate)、加離子(genion)
檢查結(jié)構(gòu)合理性與常見(jiàn)錯(cuò)誤修復(fù)
5. 能量最小化與體系平衡
能量最小化操作(em.mdp參數(shù)含義)
NVT/NPT 平衡模擬步驟及意義
常見(jiàn) mdrun 選項(xiàng)與參數(shù)設(shè)定
日志(log file)、能量、軌跡等輸出文件初步解析
6. 當(dāng)日實(shí)操:從PDB到能量最小化
全流程動(dòng)手指導(dǎo):PDB處理→添加力場(chǎng)→溶劑化→加離子→能量最小化
學(xué)員問(wèn)題解決與重點(diǎn)回顧
第二天:進(jìn)階動(dòng)力學(xué)模擬、數(shù)據(jù)分析與高效實(shí)踐
1. 分子動(dòng)力學(xué)生產(chǎn)運(yùn)行
配置與運(yùn)行MD生產(chǎn)模擬(md.mdp參數(shù)詳解)
多步長(zhǎng)模擬、溫控和壓控常用方案
并行計(jì)算與性能優(yōu)化建議(多核/多GPU)
2. 軌跡分析與結(jié)果解讀
軌跡(trajectory)處理與格式轉(zhuǎn)換(trjconv)
常用分析命令:RMSD(gmx rms)、RMSF、徑向分布函數(shù)(gmx rdf)、氫鍵分析(gmx hbond)、二級(jí)結(jié)構(gòu)(gmx do_dssp)
能量、溫度、壓力與密度等宏觀參數(shù)分析
結(jié)果可視化工具(VMD、PyMOL、Grace等)介紹
3. 進(jìn)階模擬與特殊應(yīng)用
多組分或大分子體系設(shè)置(如蛋白復(fù)合物、膜蛋白等)
小分子/配體參數(shù)化與工具對(duì)接(如ACPYPE、CGenFF)
常見(jiàn)問(wèn)題及輕松排錯(cuò)方法
復(fù)現(xiàn)性與實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)常見(jiàn)注意事項(xiàng)
4. 數(shù)據(jù)管理與自動(dòng)化流程
輸入/輸出文件管理規(guī)范
批量模擬腳本與分析自動(dòng)化(bash、python等簡(jiǎn)單示例)
典型高通量模擬方案介紹
5. 項(xiàng)目案例演練
分組完整實(shí)操:標(biāo)準(zhǔn)蛋白體系建模、動(dòng)力學(xué)模擬及結(jié)果分析
小組/全體答疑與技能鞏固